生物滤池技术的工作原理是使收集到的废气在适宜的条件下通过长满微生物的固体载体（填料），气味物质先被填料吸收，然后被填料上的微生物氧化分解，完成废气的除臭过程。
固体载体上生长的微生物承担了物质的转换任务，因为微生物生长需要足够的有机养分，所以固体载体必须具有很高的有机成分。要使微生物保持高的活性，还必须为之创造一个良好的生存环境，比如：适宜的温度、湿度、PH值、氧气含量和营养成分等。
环境条件变化会影响微生物的生长繁殖，因此在试运行时或改变工况时要考虑生物滤池会有一个适应期。
臭气由导入口先平流进入预洗段（加湿区），在预洗段，完成了对臭气中水溶性及酸性物质的吸收、并进行除尘、加湿和调节PH的预处理。然后再进入生物滤池过滤区，通过过滤层时，污染物从气相中转移到生物膜表面：
恶臭气体在喷洒水的作用下与湿润状态的生物填料上的水膜接触并溶解。
进入生物膜的恶臭成分在生物填料中微生物的吸收分解下被清除。
微生物把吸收的恶臭成分作为能量来源，用于进一步的繁殖。以上3个过程同时进行，达到除臭的目的。
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